VUS nel WES

VUS, a volte cambiato in (VOUS), sta per Variant Of Uncertain Significance (varianti di significato incerto). Una VUS è una variante che, a priori, non può essere definita né neutrale/benigna né patogena. Questo termine è spesso utilizzato nella diagnostica clinica, ovvero quando viene eseguito un test genetico su un paziente affetto.
Una VUS è di solito considerata una variante con un possibile ruolo patogeno o perché (1) ha una frequenza molto bassa nella popolazione generale, (2) cade in un gene in cui sono state riportate altre mutazioni patogene che causano un fenotipo simile a quello del paziente, (3) le sue caratteristiche biologiche indicano che potrebbe essere patogena (e.g le predizioni in silico dicono che potrebbe danneggiare la struttura proteica, o cade vicino alla giunzione esone/introne – e quindi potrebbe influenzare lo splicing – o cade sullo stesso codone o sulla stessa posizione nucleotidica dove un’altra variante è stata confermata come patogena).

Le VUS rappresentano una porzione consistente del risultato finale di un test genetico. Specialmente quando si fanno grandi pannelli multigenici, il sequenziamento dell’intero esoma o il sequenziamento dell’intero genoma, la quantità di VUS è impressionante. Nei pazienti affetti, in cui non può essere identificata una variante chiaramente patogena, numerose VUS possono essere considerate come varianti patogene candidate.
Ogni VUS deve essere valutata per la sua possibile rilevanza nei confronti del fenotipo del paziente sulla base di (1) genotipo (è omozigote o eterozigote?), (2) spettro mutazionale specifico del gene (il tipo biologico di VUS è già stato descritto come patogeno in quel gene?), (3) la rilevanza clinica del gene in questione verso il fenotipo del paziente.

Bene, non ci sono molti modi, ma qualcosa può essere fatto e, a volte, è davvero possibile spostare l’interpretazione finale verso qualcosa di certo. Specialmente nelle malattie rare, ci sono principalmente due modi:
(1) studi di segregazione familiare: è necessario testare la VUS (di solito con un semplice test del portatore con elettroforesi capillare – sequenziamento Sanger), per vedere se la variante è insorta de novo nella persona affetta (di solito questo è un indicatore molto forte della patogenicità nelle malattie isolate) o per vedere se la variante è presente solo nei membri affetti di una famiglia e non in quelli sani (anche questo è un buon indicatore della patogenicità);
(2) studi funzionali in-vitro: questo è certamente il metodo più complesso, specialmente perché il test di ricerca deve essere progettato da zero e testato specificatamente per quella variante. Tuttavia, questa potrebbe essere l’unica via accessibile, specialmente se non sono disponibili altri membri affetti della famiglia (malattia de novo) o quando è necessario testare l’impatto reale di varianti introniche profonde sullo splicing.