GATK

GATK: the Genome Analysis Toolkit Il Genome Analysis Toolkit o, più semplicemente GATK, è un software ampiamente utilizzato per analizzare i dati di sequenziamento ad alta resa. GATK è stato sviluppato dal gruppo di lavoro Data Science and Data Engineering del Broad Institute. Questo toolkit specializzato fornisce agli utilizzatori un’ampia selezione di tools focalizzati sulla scoperta di […]

Continue reading

Trucchi per l’estrazione dell’RNA

Una molecola vulnerabile L'estrazione dell'RNA dai campioni biologici è complicata dalla vulnerabilità della molecola di RNA stessa e dalla presenza ubiquitaria di enzimi ribonucleasici nelle cellule, nei tessuti e nell'ambiente che possono rapidamente degradare l'RNA (come ad esempio, RNase 7, un componente della superfamiglia dell'RNase A, che viene secreto dalla pelle umana come potente difesa […]

Continue reading

Sequenziare il DNA di una singola cellula

Panoramica Il sequenziamento del DNA dell'intero genoma di una singola cellula (Singe cell genome sequencing) è stato descritto da numerosi autori. Il sequenziamento dell'intero genoma di una singola cellula è di interesse in numerose applicazioni di nicchia, come la misurazione della diversità genomica dei gameti di un individuo, la determinazione della fase delle mutazioni e […]

Continue reading