Un bambino con molteplici sintomi.
Talvolta anche malformazioni.
Sistemi diversi coinvolti.
Nessun quadro unico che spieghi tutto.
Esami biochimici, indagini di imaging e altri accertamenti già eseguiti.
Alcuni risultati nella norma,
mentre altri suggeriscono possibili direzioni diagnostiche, ma una conclusione unificante rimane sfuggente.
A questo punto, il sequenziamento ad alta resa viene preso in considerazione.
Nella maggior parte dei casi, pediatri e neuropsichiatri raccomandano → Whole exome sequencing (WES).
A questo punto emerge un’ulteriore domanda:
come dovrebbe essere eseguita questa → analisi esomica?
L’analisi dell’esoma intero (whole exome sequencing) esiste in diverse configurazioni. In alcuni casi, questa scelta influisce direttamente sull’interpretazione e sulla resa diagnostica.
WES trio a supporto dell’interpretazione
Il WES trio si riferisce all’analisi del paziente insieme a entrambi i genitori biologici.
Questo consente di interpretare i dati genetici all’interno di un contesto familiare, facilitando la comprensione delle relazioni tra le diverse varianti.
Quando il WES trio diventa rilevante
Il WES trio viene preso in considerazione in situazioni cliniche in cui l’interpretazione richiede una maggiore risoluzione.
Questo include:
- quadri clinici complessi o multisistemici
- condizioni a esordio precoce nei bambini
- casi in cui i pattern di ereditarietà risultano più chiaramente interpretabili con questo approccio
In specifici contesti clinici, il WES trio può aumentare la resa diagnostica,
passando indicativamente da circa 30–35% nell’analisi singleton fino a circa 45% con approccio in trio.
→ Whole exome sequencing
In queste situazioni, l’approccio in trio rispetto all’analisi singleton può fare la differenza fin dall’inizio.
→ Se questa situazione ti è familiare, inizia qui il percorso diagnostico.
Sequenziamento dell’esoma: singolo vs trio
→ Il whole exome sequencing può essere eseguito su un singolo individuo (singleton) oppure in modalità trio.
In un approccio singleton, l’interpretazione si basa esclusivamente sui dati del paziente.
In un approccio trio, l’inclusione di entrambi i genitori biologici introduce un ulteriore livello interpretativo.
Questo influisce direttamente su:
- identificazione delle varianti de novo (varianti presenti nel paziente e assenti nei genitori)
- interpretazione dei pattern di ereditarietà (ad esempio il riconoscimento più rapido dell’eterozigosi composta)
- esclusione di alcune VUS (varianti di significato incerto escluse sulla base dell’ereditarietà da un genitore sano)
Resa diagnostica del WES trio
In specifici contesti clinici, il WES trio può aumentare significativamente la resa diagnostica.
In ambito prenatale, in particolare nei feti con anomalie ecografiche, il sequenziamento in trio può aumentare la resa diagnostica fino a +15% rispetto a quanto ottenuto con cariotipo e microarray cromosomico.
Nei bambini con disturbi del neurosviluppo, sia sindromici che non sindromici, la resa diagnostica complessiva del WES trio — includendo sia SNV che CNV — può avvicinarsi al ~50%.
Questo riflette il valore aggiunto del contesto familiare, più che differenze nella tecnologia di sequenziamento.
Il WES trio viene preso in considerazione in situazioni cliniche in cui l’interpretazione beneficia dell’analisi incrociata dei dati del paziente e di entrambi i genitori biologici.
Questo include:
- quadri clinici complessi o multisistemici (talvolta definiti condizioni polisindromiche), in cui la diagnosi rimane particolarmente sfuggente
- condizioni a esordio precoce nei bambini, soprattutto quando il decorso clinico non è chiaramente definito e richiede interventi di livello NICU (Neonatal Intensive Care Unit)
- casi in cui i pattern di ereditarietà guidano l’interpretazione, e distinguere tra varianti ereditate e de novo diventa essenziale
- casi in cui il sospetto clinico può apparire già piuttosto chiaro, ma l’eterogeneità genetica o l’estrema rarità della condizione rende un approccio a pannello o a singolo gene statisticamente inefficiente o tecnicamente non praticabile
In questi contesti, l’inclusione dei dati parentali migliora direttamente la chiarezza del risultato e può accelerare in modo significativo il processo diagnostico e le successive decisioni cliniche.
Come viene eseguito il WES trio
Il WES trio richiede campioni di DNA del paziente e di entrambi i genitori biologici.
Il prelievo può essere eseguito in diverse modalità, a seconda del contesto clinico:
→ Prelievo ematico a domicilio con infermiere dedicato
→ Prelievo in sede durante la consulenza (tampone buccale) — particolarmente utile nei pazienti molto piccoli, in cui il prelievo di sangue può risultare più complesso
→ Auto-prelievo tramite kit dedicato con tampone buccale
In alcuni casi, possono essere considerati approcci estesi basati sulla famiglia, come il sequenziamento di ulteriori fratelli (WES tetra).
Queste configurazioni possono supportare ulteriormente l’interpretazione in situazioni selezionate.
Tutti i campioni vengono analizzati all’interno di un framework diagnostico clinico, in cui sequenziamento e interpretazione sono integrati fin dall’inizio.
Questo permette di identificare fin dall’inizio situazioni chiave come quelle descritte, evitando i ritardi legati all’inclusione dei genitori in una fase successiva.
Scegliere come eseguire l’analisi esomica
Whole exome sequencing è spesso percepito come un singolo test.
Nella pratica, il modo in cui viene eseguito fin dall’inizio può influenzare l’intero percorso diagnostico.
In specifiche situazioni cliniche, scegliere un approccio in trio rispetto a un’analisi singleton consente un’interpretazione più strutturata fin dalle prime fasi.
Questo non modifica la tecnologia.
Modifica il modo in cui il risultato viene interpretato e la rapidità con cui si può arrivare a una diagnosi.
Per clinici e laboratori interessati a collaborazioni