Clinical Whole Exome Sequencing

GENOMICA INDUSTRIALE/

Clinical Whole Exome Sequencing (WES) per la diagnosi delle malattie genetiche rare, dal test di primo livello ai casi diagnostici complessi.

Cos’è il Clinical Whole Exome Sequencing (WES)

Il Clinical Whole Exome Sequencing (WES) è un test diagnostico genomico utilizzato per analizzare le regioni codificanti del genoma in pazienti con sospette malattie genetiche rare. Analizzando circa ~20.000 geni codificanti proteine e il DNA mitocondriale, consente di identificare varianti patogenetiche associate a malattie monogeniche (mendeliane) in un ampio spettro di presentazioni cliniche, incluse condizioni eterogenee e complesse.

Presso Breda Genetics, il Clinical Whole Exome Sequencing (WES) è utilizzato sia come test diagnostico di primo livello sia nei casi più complessi, combinando l’analisi completa dell’esoma con interpretazione clinica specialistica e un referto medico strutturato. Il servizio di exome sequencing è progettato per ospedali, laboratori e programmi genomici che necessitano di workflow di sequenziamento affidabili e risultati clinicamente utilizzabili.

Quando utilizzare il Clinical Whole Exome Sequencing (WES) nella diagnosi delle malattie rare

Il Clinical Whole Exome Sequencing (WES) è tipicamente utilizzato in pazienti con sospette patologie genetiche quando il quadro clinico non è riconducibile a una condizione nota o quando gli approcci diagnostici standard non risultano sufficienti. È sempre più adottato come test di primo livello nella diagnosi delle malattie rare, in particolare nei casi complessi o eterogenei.

Il Clinical Exome Sequencing (WES) può essere considerato nelle seguenti situazioni:

Pazienti con sospette malattie genetiche rare senza una diagnosi definita
Presentazioni cliniche eterogenee o complesse che coinvolgono più sistemi o apparati
Risultati negativi o non conclusivi da precedenti test genetici
Condizioni con elevata eterogeneità genetica, in cui possono essere coinvolti più geni
Inquadramento diagnostico precoce quando è richiesta un’analisi genomica rapida e completa
Casi in cui un pannello mirato può risultare insufficiente per cogliere l’intero spettro genetico
Casi che richiedono un approccio genomico completo piuttosto che un’analisi sequenziale gene per gene

Cosa include il servizio di Clinical Whole Exome Sequencing

Il servizio di Clinical Exome Sequencing (WES) include tutte le fasi necessarie per ottenere risultati genomici clinicamente interpretabili, dal sequenziamento fino alla refertazione diagnostica finale.

Il servizio è strutturato come un flusso di lavoro integrato:

Processamento del campione e sequenziamento
Estrazione del DNA (se necessaria), preparazione della libreria e sequenziamento ad alta copertura di tutte le regioni codificanti del genoma, incluso il DNA mitocondriale.
Analisi bioinformatica
Allineamento, identificazione di SNV (varianti a singolo nucleotide) e CNV (variazioni del numero di copie), e annotazione delle varianti mediante pipeline validate progettate per applicazioni cliniche, supportate da strumenti sviluppati internamente basati su intelligenza artificiale, che consentono sia l’esplorazione mirata delle varianti sia l’analisi standardizzata su larga scala dei dati.
Interpretazione delle varianti
Valutazione esperta delle varianti identificate nel contesto del fenotipo del paziente, inclusa la classificazione secondo le linee guida cliniche correnti e la revisione critica delle evidenze nei casi complessi o incerti.
Refertazione clinica
Consegna di un referto medico strutturato, focalizzato sui risultati clinicamente rilevanti, finalizzato al raggiungimento di una conclusione diagnostica chiara, con interpretazione finale guidata dal giudizio clinico esperto.
Gestione dei dati e rianalisi (quando applicabile)
Conservazione sicura dei dati e possibilità di rianalisi futura alla luce di nuove conoscenze disponibili.

A seconda delle esigenze cliniche o operative, il servizio può essere fornito come soluzione completa end-to-end oppure come workflow di solo sequenziamento per laboratori che eseguono internamente l’interpretazione.

Tempi di refertazione e workflow operativo

I tempi di refertazione e l’affidabilità del workflow sono parametri critici nel sequenziamento clinico dell’esoma, in particolare nei contesti in cui le decisioni diagnostiche influenzano direttamente la gestione del paziente.

Presso Breda Genetics, il servizio di sequenziamento clinico dell’esoma è progettato per garantire tempi di refertazione costanti e prevedibili, supportati da workflow di laboratorio strutturati e da fasi di processo controllate.

Il tempo di refertazione tipico per il sequenziamento clinico standard dell’esoma varia generalmente da circa 3 a 4 settimane, a seconda del tipo di campione e della complessità clinica.

EXOME ULTRA-FAST

EXOME ULTRA-FAST è progettato per le situazioni in cui le informazioni genomiche sono necessarie nell’arco di pochi giorni, non di settimane.

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Questo servizio accelerato è progettato per situazioni in cui sono necessarie informazioni genomiche rapide a supporto di decisioni cliniche immediate.

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Dal punto di vista operativo, il servizio supporta:

Analisi di singoli casi, per richieste diagnostiche individuali
Workflow di elaborazione in batch, per laboratori che gestiscono campioni multipli
Modelli di servizio di sequencing-only, per partner che eseguono internamente l’interpretazione

Il workflow è progettato per garantire riproducibilità, scalabilità e una comunicazione chiara in ogni fase del processo, dalla ricezione del campione alla consegna del referto finale.

Quando il clinical exome sequencing (WES) è preferibile rispetto ai pannelli mirati

Il clinical whole exome sequencing è spesso preferito rispetto ai pannelli genici mirati nelle situazioni in cui la causa genetica sottostante non è chiaramente definita o quando è richiesto un approccio diagnostico più ampio.

Sebbene i pannelli mirati possano essere efficaci in scenari clinici ben definiti, possono risultare limitati nei casi con presentazioni eterogenee o quando possono essere coinvolti più geni.

Analizzando tutte le regioni codificanti del genoma, il clinical whole exome sequencing consente una valutazione più completa, riducendo la necessità di test sequenziali e supportando un processo diagnostico più efficiente.

Questo approccio è particolarmente rilevante nei casi complessi o non risolti, così come nei percorsi diagnostici precoci in cui è richiesta una visione genomica ampia.

Sebbene alcuni approcci si basino ancora su pannelli “clinical exome” limitati a un numero ristretto di geni, queste strategie potrebbero non cogliere l’intero panorama genetico nelle condizioni eterogenee o complesse.

Un approccio completo di clinical whole exome sequencing, che copre tutti i ~20.000 geni codificanti proteine umani e il DNA mitocondriale, riduce il rischio di diagnosi mancate ed evita la necessità di riesecuzioni sequenziali dei test.

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