Il database DGV: variazioni strutturali non patogene

Database of Genomic VariantsEsiste un database online il cui scopo è quello di raccogliere tutte le variazioni strutturali non patogeniche del DNA, cioè tutte quelle variazioni quantitative (delezioni, duplicazioni, moltiplicazioni) e strutturali (inversioni e riarrangiamenti complessi) che possano considerarsi come normali polimorfismi nella popolazione sana (DGV – Databse of Genomic Variants). La consultazione di questo database è particolarmente importante perché consente subito di ipotizzare se una variazione rilevata in un determinato paziente possa essere o non essere patogena.

In collaborazione con DGVa (EBI) e dbVar (NCBI)

Il database contiene variazioni strutturali definite come “alterazioni genomiche che coinvolgano segmenti di DNA più grandi di 50 paia di basi (50bp)“. Il database è continuamente alimentato da nuovi dati che provengono da pubblicazioni scientifiche ufficiali e viene gestito nell’ambito di un progetto di cooperazione con altri due importanti database, quello dello EBI (DGVa) e quello dello NCBI (dbVar). I tre database sono sincronizzati in modo da conferire ufficialità all’elenco (a riprova di ciò vi è il fatto che DGV non accetta più sottomissioni dirette, che devono invece essere inviate a DGVa o a dbVar. Solo una volta che la voce è stata approvata in DGVa e in dbVAR può essere inclusa in DGV).

La consultazione del database è relativamente intuitiva. Per esempio, se vogliamo vedere le variazioni strutturali del gene LRRK2 (le cui mutazioni sono associate ad una forma ereditaria di morbo di Parkinson – Parkinson 8), basta che digitiamo “LRRK2” nella finestra di ricerca e otterremo subito una rappresentazione grafica del gene con alcune barre colorate (vedi la figura sottostante): le barre blu indicano l’estensione delle regioni duplicate o moltiplicate, mentre le barre rosse indicano l’estensione delle possibili delezioni.

DGV - LRRK2

Aggiunte (barre blu) e perdite (barre rosse) di materiale genomico come appaiono nel browser di DGV (cliccare per ingrandire).

Disponibile anche nei browser di UCSC e di Ensembl

Il contenuto di DGV può essere visualizzato anche in altri browser bioinformatici, come lo UCSC Genome Browser o il browser di Ensembl. In UCSC, ad esempio, le varianti DGV non sono immediatamente visibili, ma possono essere visualizzate selezionando l’apposita opzione nei menù sotto la mappa (si veda la figura qui sotto). A noi pare, tuttavia, che la visualizzazione nel browser originario di DGV sia più chiara, essendo meno affollata e mostrando le varianti strutturali su linee diverse.

DVG UCSC

Opzione da selezionare per la visualizzazione dei dati DGV nello UCSC Genome Browser (cliccare per ingrandire).

Breda Genetics e DGV

Il livello di cura delle voci di DGV, la sua sincronizzazione con DGVa e dbVAR e il suo essere fondato su un numero veramente ampio  di dati (la versione corrente contiene più di 2,5 milioni di voci identificate a partire da più di 22.300 genomi) fa di DGV un database di sicuro riferimento anche nei contesti clinici. Noi di Breda Genetics lo consultiamo regolarmente per verificare la probabilità, in certe regioni genomiche, di alterazioni quantitative non patogene (che possano spiegare, ad esempio, risultati di omozigosi insolitamente estesa per lunghi tratti).

Referenze: http://dgv.tcag.ca/dgv/app/home, PMID: 24174537

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