Una molecola vulnerabile
L’estrazione dell’RNA dai campioni biologici è complicata dalla vulnerabilità della molecola di RNA stessa e dalla presenza ubiquitaria di enzimi ribonucleasici nelle cellule, nei tessuti e nell’ambiente che possono rapidamente degradare l’RNA (come ad esempio, RNase 7, un componente della superfamiglia dell’RNase A, che viene secreto dalla pelle umana come potente difesa antipatogeni). Rispetto al DNA, la molecola di RNA è molto più instabile perché a singolo filamento, mentre il DNA è a doppio filamento. Inoltre, alcune RNase possono essere estremamente difficili da inattivare rispetto alle DNase.
Metodi di estrazione
In biologia molecolare sono utilizzati vari metodi per isolare l’RNA. Il più comune è il metodo guanidinio tiocianato-fenolo-cloroformio (il reagente è venduto da Sigma Aldrich come TRI Reagent, dalla Invitrogen come TRIzol, dalla Bioline come Trisure, e dalla Tel-Test come STAT-60).
L’RNA può essere estratto da numerosi tessuti differenti: sangue, FFPE, cellule in coltura, vari tessuti e saliva. Per l’estrazione dell’RNA dalla saliva ci sono numerosi kit commerciali che stabilizzano la molecola subito dopo la raccolta del campione (ad esempio RNeasy Protect Saliva Mini Kit – Qiagen: secondo il produttore, con questo kit è possibile stabilizzare il campione a 37° per 1 giorno, a 15–25°C per 14 giorni, o a 2–8°C per 4 settimane prima della purificazione dell’RNA).
Studiare il trascrittoma
Tuttavia, è importante ricordare che il pool delle molecole di RNA (cosiddetto trascrittoma) è diverso da tessuto a tessuto. Dunque, anche se il prelievo della saliva è preferibile, potrebbe essere inutile perchè i geni di interesse non sono espressi nelle cellule della bocca.
References: https://en.wikipedia.org/wiki/RNA_extraction, PMID: 23564756
