Clinical Insights/PRATICA

Quando anche l’esoma è solo l’inizio

Un caso reale in cui l’esoma non è stato il punto finale dell’indagine.

Situazione iniziale

Esiste un tipo particolare di silenzio nella genetica medica.

È il silenzio che segue un esoma “negativo” in un bambino il cui fenotipo è inequivocabile.

I segni clinici ci sono.
L’evoluzione neurologica è riconoscibile.
Il fenotipo appare coerente.
Eppure il referto dice: negativo.

Per clinici e famiglie, questo momento può essere profondamente disorientante.

Le aspettative si erano costruite. E comunque, la risposta non arriva.

La biologia sembra coerente.

Ma l’analisi sembra dire il contrario.

Oppure l’analisi ha semplicemente raggiunto i limiti di ciò per cui è stata progettata.

Perché succede

Il sequenziamento dell’esoma si concentra sulle regioni codificanti del genoma.

Queste regioni contengono la maggior parte delle varianti patogene, motivo per cui l’esoma è uno degli strumenti più potenti nella diagnostica delle malattie rare.

Tuttavia, non tutte le varianti patogene si trovano nell’esoma.

Alcune alterazioni rilevanti possono rimanere invisibili: varianti introniche profonde, riarrangiamenti complessi, alterazioni regolatorie al di fuori delle regioni codificanti.

Quando il fenotipo suggerisce fortemente una causa genetica, un esoma negativo non chiude necessariamente l’indagine.

A volte indica semplicemente che l’informazione rilevante si trova altrove nel genoma.

Il punto di svolta genomico

In alcuni casi, il passo successivo è il sequenziamento del genoma (WGS).

A differenza dell’esoma, il WGS analizza l’intera sequenza genomica, incluse regioni che gli approcci standard non catturano.

Questa visione più ampia può rivelare alterazioni che restano invisibili nei dati di esoma.

In un caso come questo, il genoma ha rivelato ciò che l’esoma non era in grado di rilevare:

• una delezione strutturale su un allele
• una variante intronica profonda sull’altro

Insieme, queste alterazioni hanno compromesso lo stesso gene.

L’esoma non era sbagliato.

Era semplicemente incompleto.

Dettagli del Gene:

ERCC8

LA DECISIONE CLINICA

A volte la decisione chiave è sapere quando cambiare scala.

Passare dall’esoma al genoma è una decisione su quanto oltre debba spingersi l’indagine.

LA DECISIONE CLINICA

A volte la decisione chiave è sapere quando cambiare scala.

Passare dall’esoma al genoma è una decisione su quanto oltre debba spingersi l’indagine.

LA DECISIONE CLINICA

A volte la decisione chiave è sapere quando cambiare scala.

Passare dall’esoma al genoma è una decisione su quanto oltre debba spingersi l’indagine.

L’indicazione clinica

L’analisi genomica non dovrebbe mai essere trattata come una procedura puramente tecnica.

Quando il fenotipo suggerisce fortemente un’origine genetica,
il percorso diagnostico può essere adattato ed eventualmente ampliato:

• rivalutazione dell’esoma
• estensione al sequenziamento del genoma
• integrazione di nuove informazioni cliniche