DECIPHER-are gli sbilanciamenti genomici patologici

decipher logoAl lato opposto di DGV (Database of Genomic Variants, che contiene solo varianti strutturali non patologiche), sta DECIPHER, un database molto utile nella la ricerca di variazioni strutturali patogene o verosimilmente patogene.

Completamente gratis

DECIPHER è un database open-source, cioè completamente gratis. DECIPHER contiene una grande quantità di dati su variazioni submicroscopiche (microdelezioni, microduplicazioni e altri riarrangiamenti) che provengono da più di 25.000 pazienti. È comunque importante sottolineare che DECIPHER intende elencare anche le variazioni più piccole, incluse quelle di singolo nucleotide, anche se in realtà questa sezione non risulta particolarmente ricca. Tutte le variazioni riportate sono attualmente mappate sull’assembly umano GRCh37 e possono essere interrogate sia utilizzando il browser nativo del sito che lo UCSC Genome Browser o il browser di Ensembl (infatti l’acronimo DECIPHER sta per Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans using Ensembl Resources)

La lista delle varianti

Una delle cose migliori degli ultimi anni è stato lo sviluppo di interfacce utente sempre più “firendly” e intuitive per gli strumenti bioinformatici e DECIPHER fortunatamente non fa eccezione. Quando si digita il nome del gene si ottiene un elenco con tutte le variazioni che includono questo gene. Alcune informazioni chiave di questo elenco sono: 1. il numero identificativo (ID) della voce in DECIPHER, 2. il cromosoma, 3. le posizioni cromosomiche (cioè inizio e fine della variazione), 4. la dimensione della variazione – deducibile anche da (3), 5. il tipo di variazione (aggiunta o perdita di materiale genomico, si veda anche l’immagine qui sotto). Per alcune voci è disponibile anche un sunto delle caratteristiche fenotipiche del paziente nel quale la variazione è stata riscontrata.

Decipher explanation

La lista delle varianti.

Il browser Genoverse

Cliccando su qualsiasi delle voci del primo elenco si viene rediretti alla visualizzazione della variante su una mappa interattiva generata dal cosiddetto Genoverse browser. Qui sotto un esempio relativo ad una delezione che include l’intero gene LRRK2 e oltre.

Alcuni elementi del Genoverse browser non proprio di immediata comprensione sono:

  • la barra Gene Legend, con il suo “% HI ranges”. HI sta per HaploInsufficiency (aploinsufficienza), meccanismo per il quale una sola copia funzionante del gene non è sufficiente al mantenimento della funzione normale e causa quindi una malattia autosomica dominante. High ranks (e.g. 0-10%) indicate a gene is more likely to exhibit haploinsufficiency, low ranks (e.g. 90-100%) indicate a gene is more likely to NOT exhibit haploinsufficiency.
  • la barra dei Morbid Genes: questi sono in realtà geni che sono collegati in OMIM ad una voce di morbidità. Detto più semplicemente: si tratta dei geni, fra quelli presenti nella regione cromosomica visualizzata, le cui mutazioni sono state associate a precisi quadri patologici registrati nel database OMIM.
genoverse

Il browser Genoverse di DECIPHER.

Breda Genetics srl and DECIPHER

Poiché le variazioni di singolo nucleotide sono ancora molto poche, DECIPHER non può essere utilizzato come strumento omnicomprensivo per la valutazione di tutti i dati di sequenziamento. DECIPHER resta tuttavia di importanza fondamentale nell’interpretazione di grandi delezioni/duplicazioni e altri riarrangiamenti submicroscopici. Noi facciamo perciò massivo riferimento a DECIPHER ogniqualvolta riportiamo un’analisi CGH array o una della nostre analisi EXOME D (esoma clinico a 6.000 geni più analisi di grandi delezioni/duplicazioni lungo l’intero genoma – tutto in NGS).

Referenze: https://DECIPHER.sanger.ac.uk/

Lascia un commento

Il tuo indirizzo email non sarà pubblicato. I campi obbligatori sono contrassegnati *