Definire le CNVs
Le varianti all’interno del genoma umano possono essere molto diverse per tipo e dimensione. Dalle varianti più piccole (cioè quelle di singolo nucleotide, dette anche Single Nucleotide Variations – SNVs) a quelle più grandi (che colpiscono numero e/o di forma di interi cromosomi), nel mezzo si può avere di tutto. Le variazioni comprese fra 1.000 bp (1Kb) e 1.000.000 bp (1Mb) sono spesso denominate variazioni o varianti strutturali (in inglese Structural Variations or Structural Variants – SVs). Le SVs possono consistere nella traslocazione, nell’inversione o nell’alterazione del numero di copie di un tratto di DNA. Nell’ultimo caso di parla anche di Copy Number Variations – CNVs. Stando alla definizione si SVs, molti autori usano il termine CNV per riferirsi a variazioni comprese fra 1Kb e 1Mb, anche se il concetto di CNV rimane piuttosto flessibile e il termine viene spesso usato anche per indicare variazioni di dimensioni maggiori (sia a livello submicroscopico che cromosomico).
Benigne e patogeniche
Le CNV possono dare acquisizione o perdita di materiale genomico e possono consistere in delezioni, duplicazioni, moltiplicazioni o inserzioni. Come tali, le CNV possono includere (parte di) uno o più geni e possono essere o clinicamente irrilevanti (benigne) o patogene ed essere dunque causa di sindromi congenite complesse, suscettibilità a malattie di diverso tipo o possono influenzare la risposta ai farmaci. Le CNV possono essere de novo o acquisite, cioè ereditate. Le CNV rappresentano una parte costitutiva dell’architettura del genoma umano e svolgono un ruolo fondamentale nell’evoluzione e nella variabilità interindividuale sia nell’uomo che in altri mammiferi.
Frequenze alleliche e numero di alleli
Alcune CNV sono molto frequenti, mostrando una frequenza superiore all’1%. Naturalmente queste CNV non sono patogeniche, ma sono solo varianti clinicamente neutrali riscontrabili in una percentuale variabile di individui sani della popolazione. Per questo motivo le CNV frequenti vengono chiamate anche CNPs (Copy Number Polymorphisms). In alcuni punti del genoma (loci) esistono CNV che presentano un numero elevato di diversi alleli possibili. Queste CNV sono chiamate anche CNV multi-alleliche o mCNVs.
Continua e leggere questo capitolo con:
- multi-allelic CNVs (mCNVs): yet to be discovered
- CNVs databases: where to find the information
- CNVs: detection methods
- CNVs formation: beyond evolution
- CNVs: NAHR (Non Allelic Homologous Recombination)
- CNVs: ricombinazione non omologa
- CNVs: pathogenic mechanisms
Referenze per questa pagina e tutte le pagine correlate:
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