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Possiamo vedere qualcosa prima che si verifichi? Il vostro bambino sembra sano. La gravidanza è trascorsa senza problemi, o forse è stata accompagnata solo da qualche piccola preoccupazione. Lo screening neonatale di routine — il noto test del tallone — è stato eseguito, o verrà eseguito, e non vi è alcun motivo specifico per sospettare una malattia genetica. Ma alcune malattie genetiche sono presenti prima
Quando l’esoma intero (whole exome sequencing -WES) non riesce a dare una risposta Dal ritardo dello sviluppo o dal ritardo mentale (con o senza tratti autistici) ai disturbi neuromuscolari, sospette condizioni metaboliche, epilessia isolata o sindromica e fenotipi multisistemici complessi, molti pazienti rimangono senza una diagnosi molecolare anche dopo il sequenziamento dell’intero esoma (WES) o persino il WES in trio. Nonostante l’elevato potenziale diagnostico del
“E tratti autistici”, “con alcuni comportamenti di tipo autistico”, “alcune fissazioni particolari su certi interessi”, “linguaggio autistico”. Queste sono espressioni che sentiamo frequentemente dai genitori durante la consulenza genetica quando questi descrivono le caratteristiche cliniche del loro bambino, solitamente esaminato a causa di ritardo cognitivo o di ritardo dello sviluppo, da lieve a profondo. A volte sono presenti caratteristiche aggiuntive: tratti dismorfici minori, come rime
Alcuni bambini si sviluppano più lentamente del previsto. Potrebbero stare seduti più tardi.Camminare più tardi.Parlare più tardi. A volte regrediscono persino dopo un periodo iniziale di sviluppo apparentemente normale, perdendo abilità che avevano già acquisito. I mesi diventano anni. Fisioterapia.Logopedia.Neurologia.Risonanza magnetica cerebrale.Esami del sangue. Eppure una domanda rimane senza risposta: Perché sta succedendo? Il ritardo dello sviluppo è una presentazione clinica che può segnare l’inizio
La febbre ritorna ogni poche settimane. Gli esami del sangue vengono fatti e rifatti. Antibiotici, steroidi o trattamenti antinfiammatori possono fornire un miglioramento solo temporaneo. Eppure la stessa domanda continua a tornare: Perché continua a succedere? In alcuni pazienti, la febbre ricorrente è causata da disturbi autoinfiammatori ereditari come Febbre Mediterranea Familiare (MEFV), TRAPS (TNFRSF1A), Deficit di Mevalonato Chinasi (MVK) o CAPS (NLRP3). In altri,
Quando considerare l’analisi dell’esoma? Non sempre il problema è la mancanza di test genetici. Spesso, semplicemente, non vengono eseguiti i test più appropriati per il quadro clinico presente. Sebbene il → Whole Exome Sequencing rappresenti oggi uno degli strumenti diagnostici più completi disponibili in genetica medica, esistono alcune situazioni in cui il suo impiego risulta particolarmente indicato: quando si sospetta una malattia rara o una
Quando la variabile chiave non è la dimensione del test Molti bambini indirizzati verso un test genomico hanno già attraversato un lungo percorso diagnostico. Ritardo dello sviluppo.Disturbo dello spettro autistico.Epilessia.Regressione del linguaggio.Ipotonia.Segni neurologici senza una spiegazione chiara. Nel momento in cui viene presa in considerazione un’analisi genomica, spesso sono già stati eseguiti numerosi accertamenti: Risonanza magnetica.Indagini metaboliche.Test genetici mirati.Pannelli genetici. In alcuni casi, viene proposto
Quando scegliere tra un pannello genetico e il sequenziamento dell’esoma intero Un paziente con sintomi multipli.Talvolta con caratteristiche cliniche sovrapposte. Vengono considerate diverse ipotesi diagnostiche.Ognuna orientata verso un differente gruppo di geni. Potrebbero essere già stati eseguiti test genetici iniziali.Talvolta mirati.Talvolta non conclusivi. A questo punto, emerge una decisione: → l’analisi dovrebbe rimanere focalizzata su un numero limitato di genioppure orientarsi verso un approccio più
Un bambino con molteplici sintomi.Talvolta anche malformazioni. Sistemi diversi coinvolti.Nessun quadro unico che spieghi tutto. Esami biochimici, indagini di imaging e altri accertamenti già eseguiti.Alcuni risultati nella norma,mentre altri suggeriscono possibili direzioni diagnostiche, ma una conclusione unificante rimane sfuggente. A questo punto, il sequenziamento ad alta resa viene preso in considerazione.Nella maggior parte dei casi, pediatri e neuropsichiatri raccomandano → Whole exome sequencing (WES). A
Contenuti Questo articolo descrive gli aspetti fondamentali e le principali criticità operative nei programmi di screening genomico neonatale su larga scala, così come emergono nella pratica reale. 1. Introduzione: oltre il sequenziamento Nei programmi di screening genomico neonatale su larga scala, il sequenziamento è spesso percepito come la principale sfida tecnica. In pratica, tuttavia, la fase più critica si colloca prima ancora che il
Qual è stata l’evoluzione dell’esoma come applicazione diagnostica negli ultimi 5 anni? L’adozione dell’analisi dell’esoma (whole exome sequencing – WES) negli ultimi 5 anni è stata in parte dovuta all’introduzione di questa metodica in alcune linee guida dei sistemi sanitari (limitatamente ad alcuni paesi) e in parte all’evidenza del suo tasso di successo diagnostico, che lo ha reso di prima scelta in alcune situazioni. Ad esempio,
Questa è la lista dei geni inclusi nel Whole Exome Sequencing, che comprende tutti i circa 20.000 geni umani. Alcuni geni, o porzioni di geni, potrebbero non comparire con il nome cercato a causa delle diverse nomenclature utilizzate. Alcuni geni potrebbero inoltre non essere presenti a seguito degli aggiornamenti dei kit di arricchimento dell’esoma.. Cerchi un test per un gene specifico?Offriamo test mirati, pannelli genici,
COLPIRE I GENI E LE ALTRE SEQUENZE Le CNV possono essere clinicamente neutre o patogene. Quando sono patogene, causano di solito malattie gravi o molto gravi, dato che tipicamente causano sbilanciamenti in grandi tratti genomici, che spesso includono più di un gene e regioni regolatorie. Le delezioni, duplicazioni o moltiplicazioni causate dalle CNV possono essere patogene attraverso uno dei seguenti meccanismi (meccanismi di patogenicità delle
I BIOMARKERS Il glioma è il tumore del sistema nervoso centrale più frequente negli adulti. In più del 70% dei gliomi a basso grado e in alcuni casi di glioblastoma è possibile identificare mutazioni nei geni IDH (IDH1 e IDH2). Nei pazienti con glioma, la mutazione IDH1 Arg132His (anche nota come R132H) viene utilizzata come marker predittivo, essendo quella più frequente. La mutazione del codone
GATK: the Genome Analysis Toolkit Il Genome Analysis Toolkit o, più semplicemente GATK, è un software ampiamente utilizzato per analizzare i dati di sequenziamento ad alta resa. GATK è stato sviluppato dal gruppo di lavoro Data Science and Data Engineering del Broad Institute. Questo toolkit specializzato fornisce agli utilizzatori un’ampia selezione di tools focalizzati sulla scoperta di varianti, genotipizzazione e assicurazione della qualità dei dati. L’architettura del
L’estrazione dell’RNA dai campioni biologici è complicata dalla vulnerabilità della molecola di RNA stessa e dalla presenza ubiquitaria di enzimi ribonucleasici nelle cellule, nei tessuti e nell’ambiente che possono rapidamente degradare l’RNA (come ad esempio, RNase 7, un componente della superfamiglia dell’RNase A, che viene secreto dalla pelle umana come potente difesa antipatogeni). Rispetto al DNA, la molecola di RNA è molto più instabile perché
Panoramica Il sequenziamento del DNA dell’intero genoma di una singola cellula (Singe cell genome sequencing) è stato descritto da numerosi autori. Il sequenziamento dell’intero genoma di una singola cellula è di interesse in numerose applicazioni di nicchia, come la misurazione della diversità genomica dei gameti di un individuo, la determinazione della fase delle mutazioni e l’analisi delle mutazioni somatiche nei tumori o in seguito all’esposizione
Quante varianti genetiche abbiamo? Quando sequenziamo l’intero genoma umano (whole genome sequencing), il numero medio di varianti identificate in ogni persona è di circa 4 milioni. Anche dal sequenziamento dell’intero esoma (whole exome sequencing), il numero di varianti genetiche identificate è alto. Quindi, come possiamo indovinare il significato clinico di tutte queste varianti? La maggior parte delle varianti genetiche sono polimorfismi, ovvero varianti con un’alta
L’infertilità è una condizione che colpisce l’8%-12% delle coppie in età fertile del mondo, ma il desiderio di genitorialità è spesso così forte da spingere queste coppie a ricorrere alle tecniche di riproduzione assistita. Ad oggi, si stima che una percentuale compresa tra 1% e 4% dei bambini nati nei paesi sviluppati sia stata concepita attraverso le tecniche di procreazione medicalmente assistita (PMA) e che
Pannello Breda Genetics raccomandato per questa patologia: Displasie scheletriche, esteso (ACP5, AGPS, ALPL, ARSE, B3GAT3, BGN, BMPR1B, BMP2, C21orf2, CANT1, CHST3, COL10A1, COL11A1, COL11A2, COL2A1, COL9A1, COL9A2, COL9A3, COMP, CRTAP, CSGALNACT1, DDR2, DYM, EBP, EIF2AK3, FGFR3, FLNB, FZD2, GALNS, GDF5, GLB1, GPX4, HSPG2, IHH, IMPAD1, INPPL1, KIF22, LBR, P3H1, LIFR, LONP1, MATN3, MMP13, MMP9, NANS, NEK1, NKX3-2, NOG, NSDHL, PAM16, PAPSS2, PCYT1A, PITX1, PTH1R, RNU4ATAC, ROR2, RSPRY1,
