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Atassie con aprassia oculomotoria

Pannello Breda Genetics consigliato per questa condizione: Atassia con aprassia oculomotoria (APTX, PIK3R5, SETX, PNKP) IMPATTO SUI MOVIMENTI OCULARI L’aprassia oculomotoria (AOM) viene definita come impossibilità o difficoltà nel controllo dei movimenti volontari degli occhi. I bambini con questo problema hanno difficoltà di movimento oculare in senso orizzontale. Per questo motivo la maggior parte dei pazienti con AOM deve ruotare la testa per poter vedere oggetti posti

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ClinVar o HGMD?

Qual è il database migliore? Fra tutta l’analitica di laboratorio la diagnosi genetica rimane a tutt’oggi la più difficile, sia dal punto di vista tecnico che dal punto di vista medico. Per raggiungere buoi risultati è necessaio dotarsi di eccellenti protocolli di analisi bioinformatica, il che significa saper scegliere fra le tante soluzioni oggi disponibili. Durante il processamento dei dati, e prima della produzione del referto medico

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Sclerosi tuberosa: mosaicismo e mutazioni introniche

Pannello Breda Genetics raccomandato per questa condizione (mosaicismo incluso): Sclerosi tuberosa (TSC1, TSC2) Se negativo: analisi MLPA (geni TSC1 e TSC2) Se negativo: Exonic ultra-deep sequencing (600x) e analisi SNaPshot Sommario La sclerosi tuberosa (detta anche Tuberous Sclerosis Complex – TSC – o sindrome di Bourneville), è una patologia multisistemica ad espressività variabile caratterizzata da amartomi in organi multipli. Si manifesta prevalentemente nel cervello e sulla cute, ma può comparire anche

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p.Gly2019Ser: la mutazione più frequente del gene LRRK2

LRRK2 p.Gly2019Ser Le mutazioni del gene LRRK2 (leucine-rich repeat kinase 2) sono la causa più frequente di morbo di Parkinson ereditario e rappresentano pure un fattore di rischio anche per il morbo di Parkinson idiopatico. La mutazione p.Gly2019Ser, che causa la sostituzione della glicina con una serina al codone 2019 della catena aminoacidica, è la mutazione più frequente del gene LRRK2. Penetranza della mutazione La penetranza

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MLPA: 10 importanti domande e risposte

MLPA: 10 DOMANDE E RISPOSTE MLPA è acronimo di Multiplex Ligation Probe Amplification. Si tratta di una metodica di genetica molecolare basata sulla PCR che si utilizza per identificare grandi delezioni o duplicazioni/moltiplicazioni non rilevabili dal sequenziamento. L’alternativa alla MLPA è la qPCR (quantitative PCR). 1. La MLPA va fatta sempre? No, la Multiplex Ligation Probe Amplification non è sempre indicata e la sua esecuzione è inutile

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Nuovi geni identificati nei pazienti Rett-like

Basandosi su queste evidenze, Breda Genetics srl ha creato un pannello dedicato: Sindrome di Rett e simil-Rett (MECP2, FOXG1, CDKL5, MEF2C, TCF4, GABRD, WDR45, SMC1A)  Se questo pannello risulta negativo (sia al sequenziamento che al test di delezione duplicazione), si raccomanda l’avanzamento all’analisi di tutti gli altri geni di rilevanza clinica: upgrade a full exome. La sindrome di Rett e le sindromi simil-Rett (Rett-like) La sindrome di Rett è

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Nuova forma di eterotassia causata da mutazioni nel gene MMP21

Causa di un difetto di sviluppo Grazie a studi di whole-genome e whole-exome sequencing  sono state identificate delle mutazioni nel gene della metalloproteinasi 21 (MMP21) che causano una forma autosomica recessiva di eterotassia. La eterotassia (in inglese heterotaxy o heterotaxia) è una condizione clinica congenita che consiste nel posizionamento anomalo con inversione destra/sinistra degli organi interni del torace e/o dell’addome. L’incidenza dell’eterotassia è stimata in 1/15.000. Mutazioni in diversi altri geni

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Ritardo mentale 5 (MRD5 – mutazioni del gene SYNGAP1)

Test Breda Genetics raccomandato per questa condizione clinica analisi del singolo gene basata sull’esoma (gene SYNGAP1). Se negativo: upgrade ad analisi full exome. Sintesi Le mutazioni patogene nel gene SYNGAP1 possono causare autismo o disturbi di tipo autistico, ritardo mentale non sindromico, microcefalia acquisita e varie forme di epilessia generalizzata. La condizione è denominata ritardo mentale autosomico dominante 5 (mental retardation disorder, autosomal dominant 5 –

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Albinismo & sindrome di Hermansky-Pudlak

Pannello Breda Genetics raccomandato per questa condizione: Albinismo & sindrome di Hermansky-Pudlak (AP3B1, BLOC1S3, BLOC1S6, C10ORF11, DTNBP1, GPR143, HPS1, HPS3, HPS4, HPS5, HPS6, LYST, MC1R, MLPH, MITF, MYO5A, OCA2, RAB27A, SLC45A2, TYR, TYRP1) Che colore hanno pelle e capelli? L’albinismo oculocutaneo è caratterizzato da ipopigmentazione della pelle e dei capelli, delle ciglia e delle sopracciglia e da manifestazioni oculari come il nistagmo e la riduzione del pigmento

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Reperti incidentali: opinioni correnti di professionisti e pazienti

Cosa sono i reperti incidentali? Più il sequenziamento del genoma e dell’esoma si diffondono nei contesti clinici, maggiore rilevanza tecnica ed etica assume la refertazione dei reperti incidentali. Si definiscono reperti incidentali (incidental findings), a volte chiamati anche reperti secondari o, nel linguaggio della ricerca, “incidentaloma”, tutte le varianti genetiche di rilevanza clinica che non sono correlate all’indicazione originaria del test. In altre parole, è possibile

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Discinesia familiare con miochimia faciale (gene ADCY5)

Una condizione ipercinetica La discinesia familiare con miochimia faciale (anche nota come discinesia ADCY5-relata) è un condizione ipercinetica mista a trasmissione autosomica dominante con movimenti parossistici coreiformi, mioclonici e/o distonici degli arti e del collo con frequente coinvolgimento faciale. L’età d’esordio spazia tipicamente dall’infanzia alla tarda adolescenza. La gravità è variabile e qualche volta possono comparire difficoltà a camminare e parlare. La discinesia familiare è stata

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Polyphen/Polyphen-2

Per predire l’impatto delle varianti missenso Polyphen, ora nella sua versione Polyphen-2, è un software per l’analisi in silico di varianti missenso (cioè di varianti che inducono una sostituzione aminoacidica, dette anche nsSNP: non-synonymous single nucleotide polymorphism). Il programma effettua delle predizioni sul possibile impatto della mutazione sulla base (1) della sequenza proteica, (2) dell’informazione filogenetica e (3) dell’informazione strutturale. Per le mutazioni missenso, Polyphen-2 è dunque

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Il database DGV: variazioni strutturali non patogene

Esiste un database online il cui scopo è quello di raccogliere tutte le variazioni strutturali non patogeniche del DNA, cioè tutte quelle variazioni quantitative (delezioni, duplicazioni, moltiplicazioni) e strutturali (inversioni e riarrangiamenti complessi) che possano considerarsi come normali polimorfismi nella popolazione sana (DGV – Databse of Genomic Variants). La consultazione di questo database è particolarmente importante perché consente subito di ipotizzare se una variazione rilevata

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Il database ExAC: una delle risorde più utili per la comunità scientifica

ExAC è acronimo di Exome Aggregation Consortium, che è una coalizione di ricercatori con l’intento di aggregare e armonizzare tutti i dati di exome sequencing provenienti da progetti su vasta scala. Come tale, ExAC è anche il nome del database che questo consorzio sta costruendo e alimentando. Nel database ExAC, che è ora nella sua versione beta, sono stati fino ad ora accumulati i dati

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Anoftalmia e microftalmia (isolata e sindromica)

Pannello Breda Genetics raccomandato per questa condizione: Anoftalmia/microftalmia, isolata/sindromica  (ALDH1A3, ALX1, BCOR, BMP4, COX14, COA5, CHD7, COX6B1, CRYBA4, CRYBB2, CRYGD, DPYD, ERCC6, ESCO2, EYA1, FASTKD2, FOXE3, FOXL2, FRAS1, FREM1, FREM2, GDF3, GDF6, GJA1, GLI3, HCCS, HDAC6, HESX1, HMX1, IKBKG, ISPD, KERA, KIF11, MAF, MBTPS2, MFRP, NAA10, NDP, NHS, OCLN, OTX2, PAX2, PAX6, PHGDH, POMT1, PORCN, PQBP1, RAB18, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RAX, RIPK4, SALL4, SHH, SIX3, SIX6, SLC36A2, SLC6A19,

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Miopatia nemalica e altre miopatie congenite

Pannello BREDA GENETICS raccomandato per questa condizione (EXOME PANEL): Miopatia nemalica e altre miopatie congenite (ACTA1, BIN1, CCDC78, CFL2, CNTN1, DNM2, FHL1, KBTBD13, MAMLD1, MTM1, MTMR14, MYF6, MYH7, NEB, RYR1, SEPN1, TNNT1, TPM2, TPM3) Fare una diagnosi di miopatia congenita non è semplice, ma è necessario per poter definire il rischio di ricorrenza. Nance JR et al (PMID: 22392505) hanno chiaramente affermato che le tre categorie principali di miopatie

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Difetti della modificazione degli istoni

Pannello Breda Genetics raccomandato per questa condizione: Difetti della modificazione degli istoni e loro diagnosi differenziale (incl. sindrome di Wiedemann-Steiner, Kabuki, Coffin-Siris, Nicolaides-Baraitser e Cornelia de Lange) (ARID1A, ARID1B, HDAC8, NIPBL, KMT2A, KMT2D, KDM6A, SMARCA2, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SMC1A, SMC3, RAD21) Sintesi La modificazione degli istoni è un meccanismo epigenetico per il quale più di 100 modificazioni post-traduzionali possono avvenire all’estremità amminoterminale delle code istoniche nei nucleosomi.

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Ricorrenza familiare dell’infarto del miocardio

Pannello Breda Genetics raccomandato per questa condizione: Infarto del miocardio, familiare (ABCG5, ABCG8, APOE, LRP6, LDLR, APOB, PCSK9, ACTC1, CALR3, CAV3, CSRP3, GLA, JPH2, LAMP2, LIPA, MYBPC3, MYH6, MYH7, MYL2, MYL3, MYLK2, MYOZ2, NEXN, PLN, PRKAG2, SLC25A4, TNNC1, TNNI3, TNNT2, TPM1, TTN, TTR, VCL) Sintesi Le malattie cardiovascolari rappresentano la prima causa di mortalità sia nei paesi industrializzati che in quelli in via di sviluppo. L’infarto del

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